Theo Y học cổ truyền, cùi bí đỏ có tác dụng bổ thần kinh, điều hòa tỳ vị, bổ khí lực, nhuận tràng, dùng trị đau đầu, suy nhược thần kinh, chống táo bón. Có thể xào, nấu canh, hoặc nấu cháo bí đỏ với đậu đen, ăn hàng  ngày.

Hạt bí đỏ chứa dầu béo, nhiều a xít  amin: alanin, valin, leucin, histidin, cystin, calanin, arginin, lysine và một chất cucurbitin có bản chất là a xít  amin có tác dụng chữa bệnh giun, sán.

Hạt bí đỏ còn được dùng để làm thuốc trị giun và sán, với liều 300g cho người lớn, trẻ em tùy tuổi, giảm lượng cho phù hợp.

Có thể dùng hạt dưới dạng nước sắc, nếu để nguyên vỏ, dùng dạng bột nếu bóc vỏ. Khi dùng trị sán cần kết hợp với hạt cau.  Vì hạt bí đỏ chủ yếu có tác dụng làm tê liệt các khúc giữa và khúc đuôi  của con sán, còn hạt cau (chứa các alcaloid Arecolin) lại có tác dụng mạnh với phần đầu và những đốt chưa thành thuộc của con sán. Sau khi uống thuốc trên, cần uống thêm liều thuốc tẩy nhẹ để tống sán ra ngoài.